کميسيون مستقل انتخابات (IEC)   براساس فرمان شماره ۲۱ رئيس جمهور به تاريخ  يازدهم ثور سال ۱۳۸۳  تشکيل شده است.  اين کميسيون در تشکيل رهبرى خود۷ عضو، به شمول يک رئيس ويک معاون دارد و دو عضو آن خانم هستند. فضل احمد معنوی رئيس اين کميسيون و سناتور عبدالخالق حسیني پشه یي ، معاون آن ميباشد.
به اساس ماده ۱۵۶ قانون اساسی، کميسيون مستقل انتخابات، صلاحيت و مسؤليت اداره و نظارت بر هر نوع انتخابات و همچنان مراجعه به آرای عموم  مردم، در کشور را   عهده دار مى باشد . بودجه کميسيون انتخابات افغانستان دوصد و پنجاه ميليون دالر برآورد شده که از کمک های جامعه جهانی تمويل می گردد.
دارالانشای کميسيون انتخابات :
دارالانشای کميسيون مستقل انتخابات ،بخش اجرائيوی کميسيون ميباشد. که مسئوليت تطبيق واجرای عمليات انتخابات رامطابق چهارچوب تعيين شده؛ توسط کميسيون مستقل انتخابات بدوش دارد. دارالانشاء توسط رئيس آن، که ازجانب رئيس جمهورازميان شخصيت هاى  متخصص و کاردان به اساس پيشنهاد کميسيون مستقل انتخابات تعيين ميگردد، اداره می شود.
کارمندان مسلکی انتخابات، در دارالانشای کميسيون، فيصله ها، دستورالعمل ها و طرزالعمل های اتخاذ شده ازجانب کميسيون  را تطبيق مينمايند که برعلاوه کابل، دارای دفاتر ساحوی و دايمی در ولايات افغانستان نيز است.
رئيس جمهور، از ميان گروه افرادی که از سوی کميسيون مستقل انتخابات معرفی می شوند؛ يکتن را به عنوان رئيس اين دارالانشا تعيين می نمايد. رياست اين دارالانشا ء را ضياالحق امرخيل برعهده دارد.
اداره دارالانشاء متشکل از رئيس دارالانشاء ودو معاون(معاونت اداری ومعاونت عملياتی) که مسئوليت اداره روزمره امور وايجاد هماهنگی ميان رياست های مختلف راعهده دار ميباشند؛ تشکيل گرديده است. با درنظرداشت پيچيده گی امورانتخابات، ايجاد ساختاروتشکيل درسطح ولايات ضروری پنداشته می شود،تا دارالانشای کميسيون مستقل انتخابات، تمام فعاليت های مربوط به انتخابات رادردفتر مرکزی آن درکابل و۳۴ دفتر ولايتی انتخابات درسطح ولايات، رهبری نمايد.
 دفاترولايتی دارالانشای کميسيون مستقل انتخابات:
آمرين دفاتر ولايتی انتخابات؛ مسئوليت اداره ورهبری امور انتخاباتی را درسطح ولايات مربوطه شان برعهده دارند. آمرين دفاتر ولايتی انتخابات ؛  امور محوله انتخاباتی را طبق هدايات دفتر مرکزی انتخابات ؛  به پيش می برند. 
کميسيون شکايات انتخاباتی :
کميسيون شکايات انتخاباتی يک نهاد مستقل افغانی می باشد که بر اساس ماده ۵۲ قانون اساسی، جهت تصميم گيری در مورد تمام اعتراضات و شکايات مربوط به پروسه انتخابات ايجاد شده است. کميسيون شکايات انتخاباتی برای انتخابات سال ۱۳۸۸ دوباره تاسيس گرديده است. کميسيون شکايات انتخاباتی می تواند به شکايات در مورد نقض قانون انتخابات طوری که در ماده ۵۳ قانون تسجيل گرديده رسيده گی نمايد و همچنان می تواند مطابق ماده ۵۴  محدوديت های را در صورت که مشخص شود که خلاف رفتاری صورت گرفته است وضع نمايد. علاوتا کميسيون شکايات انتخاباتی می تواند به اعتراضات در مورد شايستگی نامزدان رسيده گی نمايد.
دفتر مرکزی کميسيون شکايات انتخاباتی در کابل می باشد؛ دفاتر ولايتی کميسيون شکايات انتخاباتی در تمام ولايات افغانستان، از کميسيون مرکزى نماينده گی می نمايند. هر دفتر ولايتی کميسيون شکايات انتخاباتی شامل سه کميشنر و يک آمر حمائيوی ميباشد. هشت دفتر ولايتی دارای امکانات و ظرفيت های اضافی عدلی وتحقيقاتی است که در صورت ضرورت، دفاتر ولايتی ديگر را کمک مينمايد.
هر شخص و سازمان که نفع مشروع در انتخابات داشته باشد و ادعا دارد که تخطی از قانون انتخابات در جريان پروسه انتخاباتی صورت گرفته است، حق درج شکايت در کميسيون شکايات انتخاباتی و دفاتر ولايتی کميسيون شکايات انتخاباتی را دارد. اين حق شامل حال تمام رای دهنده گان و نماينده گان کانديدان نيز ميشود؛کميسيون شکايات انتخاباتی از کميسيون مستقل انتخابات جدا و مستقل ميباشد.
کميسيون رسانه های انتخاباتی:
کميسيون مستقل انتخابات يک کميسيون رسانه ای انتخاباتی سه عضوی را ايجاد نمود، تا گزارش دهی عادلانۀ رسانه ها را در دوران کمپاين انتخاباتی نظارت نمايد.
بصورت ويژه کميسيون رسانه های انتخاباتی،پوشش مبارزات انتخاباتی را از طريق رسانه های گروهی نظارت مينمايد؛ به شکاياتى که در مورد نقض اصول گزارشدهی منصفانه و پوشش مبارزات سياسی، و ساير تخطی ها از دستورالعمل رسانه های گروهی باشد؛ رسيدگی مينمايد.
ضمناًيک برنامه تمويل شدۀ اعلانات را تنظيم نموده و از آن نظارت مينمايد، که اين برنامه به هر يک از کانديدان رياست جمهوری،
 وقت مجانی برای پخش اعلانات ايشان از طريق راديو و تلويزيون را فراهم ميسازد.
تائيد دوره سکوت رسانه هادر۴۸ ساعت قبل از آغاز روزانتخابات و خود روزانتخابات  :
در دوران دوره سکوت، رسانه ها نبايد هيچگونه  فعاليت سياسی کدام کانديد  را پخش و نشر نمايند.
هيچ نوع نتايج سروی  ،نظريات عامه و يا نظريات رای دهندگان را که رای داده اند؛ نشر و پخش ننمايند.
 در دوران روند انتخابات، از رسانه ها تقاضا ميگردد تا با کميسيون رسانه های انتخاباتی همکاری نموده ،  به  اتباع افغانستان بفهمانند که چرا رای دادن آنها مهم است، منشور و اجندای کانديدان، مسايل اساسی کمپاين، و اينکه اتباع افغانستان چطور ميتوانند در انتخابات سهم گيرند را تحت پوشش خود قرار دهند.
هر يک از رای دهندگان ثبت نام شده، حزب سياسی، کانديد و يا نماينده آنها ميتوانند در صورت نقض دستورالعمل رسانه ها ؛ شکايات خود را درج نمايند. اين شکايت بايد در فورم مشخص که از طرف کميسيون رسانه های انتخاباتی ترتيب گرديده است درج گردد ، و از جانب شخصيکه شاهد نقض قانون يا دستورالعمل مربوطه ميباشد، امضاء   و در ظرف ۷۲ ساعت، بعد از وقوع تخطی به يکی از دفاتر ذيل تسليم داده شود:
دفاتر ولايتی کميسيون مستقل انتخابات،
کميسيون رسانه ها در کابل، ويا کميسيون مستقل انتخابات در کابل.
کميسيون رسانه های انتخاباتی تمام شکايات را بررسی نموده ، و در صورت لزوم ديد آنها را به کميسيون رسانه های وزارت اطلاعات و فرهنگ   راجع  نمايد.
در ختم کار، ( ۳۰ روز بعد از اعلان نتايج نهائی انتخابات) ، کميسيون رسانه های انتخاباتی گزارش کاری اش را به کميسيون مستقل انتخابات ارائه مينمايد.
ناظران داخلی و بين المللی:
انتخابات در افغانستان، بطور گسترده ای از جانب نمايندگان داخلی و بين المللی نيز نظارت می شود.
احزاب سياسی، نامزدهای انتخابات، جامعه مدنی، سازمان ملل متحد و رسانه ها، اجازه دارند بر چگونگی برگزاری انتخابات نظارت داشته باشند.
نمايندگان اين نهادها می توانند در مراکز رای دهی و در شمارش آرا حضور داشته باشند.
يک نهاد غيردولتی به نام "بنياد انتخابات آزاد و عادلانه افغانستان" نيز به هدف نظارت بر انتخابات افغانستان آغاز به کار کرده است. که در راس آن، جانداد سپين غر قرار دار